根据你使用的色谱柱和用过的流动相来决定用什么样的溶剂来冲洗系统。
如果用过盐或者酸，必须用9比1的水和合适的有机溶剂先冲洗一段时间，将其中的盐分冲洗干净，防止结晶，然后逐渐提高有机相的比例来冲洗，冲洗时间可以根据柱子的死体积来计算，最后用纯有机相来冲洗，最好是乙腈，因乙腈不容易挥发，柱子不容易干，而且柱子保藏也需要浸在乙腈中。
如果是单纯的水货有机溶剂，就用能够冲洗掉它的溶剂大比例先冲洗，然后再切换到乙腈冲洗。
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