1、定义不同。核准制是上市公司股票申请上市，必须经过核准证券发行的管理制度。备案制是指从境外进入出口加工区的货物，必须备案的管理制度。
2、方式不同。核准制是由股票发行人，在充分公开企业的真实情况，且符合有关法律和证券监管机构规定的必要条件下，向证券监管机构提出股票发行申请。备案制是由企业填写《中华人民共和国出口加工区进境货物备案清单》作货物进（出）境申报备案的。
3、范围不同。核准制的范围主要是以欧洲各国的公司，备案制的范围主要是境外进入出口加工区的货物。
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