1999年，合肥与北京、成都、西安一起被确定为国家四大科教基地，合肥现有“超导托卡马克装置”、“国家同步辐射实验室”、“微尺度物质科学国家实验室”等多项国家重点科研设施；拥有选键化学、结构分析、结构生物学等省部级重点实验室33 个，有以中国科学院合肥物质科学研究院、 中国电子科技集团38所、合肥通用机械研究所等为代表的国家和省属、部属科研院所72个。
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